Elektronický podpis zakládá své fungování na tom, že není možné (v únosně krátkém čase) najít vzájemně kolizní dokumenty. Tedy takové dokumenty, které jsou sice jiné, ale mají stejný otisk (tzv. hash). Tím pádem budou mít i stejný elektronický podpis a nebude možné poznat, který z nich je "ten pravý".
Náročnost hledání kolizních dokumentů záleží ještě na tom, zda jde o kolizi prvního řádu (kdy hledáme dva dokumenty, které mají stejný otisk), nebo druhého řádu (kdy k zadanému dokumentu hledáme jiný dokument, se stejným otiskem). V prvním případě je totiž situace jednodušší a hledání kolizních dokumentů přeci jen snazší.
Obecně pak náročnost (složitost) hledání kolizních dokumentů závisí hlavně na "síle" hašovací funkce, která je použita. Dříve používaná funkce MD5 je dnes již zcela nepoužitelná, protože nalezení kolizních dokumentů (1 řádu) je pro tuto hašovací funkci záležitostí několika vteřin. Novější SHA-1 je na tom podstatně lépe, ale od roku 2010 se také již nedoporučuje používat. Místo ní se dnes běžně používá hašovací ffunkce SHA-2, v některé ze svých variant.
Jako příklad toho, že kolizní dokumenty reálně existují, zde najdete dva soubory. Obsahují PDF-ka, záměrně stylizovaná do formy dlužního úpisu: jeden z nich říká, že "starší" dluží "mladšímu", zatímco druhý dokument říká přesný opak (že "mladší" dluží "staršímu").
Obě tato PDF-ka jsou vložena do obálky (v podobě samorozbalovacího archivu s příponou .exe, konkrétně package1.exe a package2.exe) - a tyto dvě obálky mají stejný otisk (hash), vytvořený pomocí hašovací funkce MD5 (tj. v rozsahu 128 bitů). Jeho hodnota je:
Z pohledu hašovací funkce MD5 jsou tedy tyto obálky (obsahující protichůdné dlužní úpisy) vzájemně kolizními dokumenty (nalezenými jako klize 1. řádu). To znamená, že pokud je jeden z nich podepsán - a to takovým elektronickým podpisem, který pro otisk podepisovaného dokumentu používá právě funkci MD5 - pak tento podpis bude "sedět" i na druhý dokument a nebude již možné rozlišit, který dokument byl původně podepsán.
Při použití "vyšších" hašovacích funkcí už ale oba dokumenty (obálky) nebudou vzájemně kolizní. Jejich otisky již budou odlišné: