Formát PDF nabízí řadu možností pro interní elektronické podpisy, elektronické značky a časová razítka. Umožňuje například opatřit jeden a tentýž dokument více (interními) elektronickými podpisy.

Obrázek 6 - 1: Příklad PDF dokumentu s více podpisy
Interní podpisy na PDF dokumentu přitom mohou být tzv. viditelné, či naopak neviditelné[1].
Neviditelným elektronickým podpisem je míněno to, když na samotném elektronickém dokumentu – jak je uživateli zobrazován – není žádný elektronický podpis patrný a je „vidět“ pouze tehdy, pokud si ho uživatel nechá zobrazit prostředky toho prohlížeče, který právě používá.

Obrázek 6 - 2: Příklad neviditelného elektronického podpisu na PDF dokumentu
Stejné je to i při i tisku PDF dokumentu (na papír): ani zde nebude patrné, že dokument je opatřen elektronickým podpisem. U papírového výtisku si navíc nemůžeme na nic kliknout a nechat si neviditelný podpis ukázat v samostatném okénku.
Možná i kvůli této nevýhodě se u PDF dokumentů zavedly také tzv. viditelné podpisy, které již jsou určitým způsobem patrné (viditelné) na samotném dokumentu tak, jak je tento uživateli zobrazován, i jak je tištěn.
Viditelný podpis má podobu podkladového obrázku, přes který je uveden text s údaji podepsané osobě, době podpisu, a případně i další údaje. Celý viditelný podpis pak je „vlepen“ do samotného dokumentu na místo, které určí uživatel - například v záhlaví první stránky, nebo na poslední stránce apod. Příklad ukazuje následující obrázek:

Obrázek 6 - 3: Příklad viditelného podpisu na PDF dokumentu
Takovéto „viditelné“ podpisy jsou někdy i animované, v tom smyslu že obrázková část takovéhoto viditelného podpisu se může měnit v závislosti na tom, zda a jak byl podpis vyhodnocen.

Obrázek 6 - 4: Příklad animovaného viditelného podpisu
Může to tedy dopadnout například jako na spodním obrázku: po úspěšném ověření (platného) podpisu se obrázek na pozadí změní na zelenou fajfku, a při neplatnosti podpisu na červený křížek. Pokud verdikt zní „nevím“, obrázek se změní na žlutý otazník.
[1] Vedle těchto dvou základních variant ale PDF formát podporuje i dvě další varianty podpisů: viditelný, ale netisknutý podpis (který je zobrazován v těle dokumentu, ale není zahrnut do tisku), a dále neviditelný, ale tisknutý podpis (který není zobrazován v těle dokumentu, ale je naopak tisknut.