Ještě další variantou osobních certifikátů jsou takové, které kromě identity svého držitele vyjadřují i jeho zaměstnanecký vztah: kdo je zaměstnavatelem držitele certifikátu, případně funkci kterou držitel vykonává, jeho organizační začlenění (kde v rámci organizace zaměstnavatele působí) atd.
Právě kvůli těmto informacím se o těchto certifikátech hovoří jako o „zaměstnaneckých“. Při jejich vydávání musí žadatel prokázat svůj zaměstnanecký poměr. Velmi často jsou také takovéto certifikáty vydávány přímo z iniciativy zaměstnavatele (na jeho objednávku), pro jednotlivé zaměstnance.
Údaj o zaměstnavateli se vkládá přímo do řetězce DN (Distinguished Name), který je obsažen v položce pro držitele certifikátu (Subjekt, případně Předmět). Nejčastěji je údaj o zaměstnavateli obsažen ve složce O (Organization) řetězce DN, případné organizační zařazení je pak vyjádřeno ve složce OU (Organizational Unit) a pracovní zařazení ve složce T (Title). Příklady ukazuje obrázek.

Obrázek 4 - 23: Příklady zaměstnaneckých certifikátů
Požadavek na to, aby orgány veřejné moci vybavovaly své zaměstnance zaměstnaneckými certifikáty, je obsažen v nařízení vlády z roku 2004[83]. To konkrétně požaduje, aby v rámci zaměstnaneckého certifikátu bylo obsaženo označení orgánu veřejné moci, jeho příslušného organizačního útvaru a zařazení zaměstnance.
[83] Nařízení vlády č. 495/2004 Sb., „k provádění zákona o elektronickém podpisu“